و هي امراض تصيب الجذور في النباتات بجميع انواعها سواء المحاصيل او الاشجار او نباتات الزينة مسببة تعفن جذورها فتأثر على الانتاجية و النمو وتفضل النباتات وهي في اسوأ احوالها لانه يكون ضعيف المقاومة كما تؤثر العوامل المحيطة على شدة ظهور المرض , ويوجد الكثير من التراكيب لعديد من مسببات الاعفان الفطرية تتصف بقدرتها على البقاء حية لعدة سنوات في التربة كالاجسام الحجرية مثلا .
على الرغم من ان كلمة عفن تدل على مرض فطري الا ان مجازا هناك مسببات اخرى غير فطري كما سيلي ومن الممرضات مسببات اعفان الجذور
الفطريات مثل Pythium , Fusarium , Rhizoctonia , , Phytophthoraو ايضا
Thielaviopsis basicola , Aphanomyces euteiches , Cochliobolus sativus
Phellinus noxius , Phoma terries , Armellaria mellea
هناك ايضا مسببات بكتيرية منها
Erwinia chrysanthemi
نيماتودا مثل Pratylinchus penetrans
غالبا الامراض التي تصيب الجذور تكون خسائرها اكبر من تلك التي تصيب المجموع الخضري .
تنتقل عبر التربة و نادرا عبر البذار و هي تنبت بفعل نشاط جذور النباتات خاصة العائل .
تسبب هذة الامراض اعفانا على الجذر وتحللا له فيقل المجموع الجذري منها تحصل للبذرة او للبادرة قبل او بعد الانبثاق او على النباتات الكاملة وعلى المجموع الخظري تسبب تقزما و اصفرارا ونقص في الازهار و العقد .
تراعى مجموعة من الاجراءات للتقليل من المرض او منح العدوى به اصلا منها اجراءات زراعية ووقائية كتحسين التربة و صرفها و الاعتدال في الري الحذر عند النقل الى الارض المستديمة
اضافة الاسمدة العضوية المخمرة ومعقمة وتسميد النبات لتقويته خاصة الفوسفوري لتقوية الجذور الزراعة في اعماق تربة معتدلة لضمان سرعة الانبات وغير ذلك
وكيميائيا استخدام معقمات البذار او مبخرات التربة والرش العلاجي احيانا للتقليل من المرض وايضا سقاية المبيد للاشتال مع التشتيل و الزراعة .
كما ان هناك طرق حيوية لمكافحة فطريات التعفن في الجذور عبارة عن بكتيريا وفطريات مضادة مثل :Bacillus subtilus , Coniothyrium minitans , Gliocladium spp, Trichoderma spp.